去鐵酮最常見不良反應是淡紅色/棕色尿，是由于鐵-去鐵酮復合物的排出所致。一般不良反應包括：惡心，嘔吐，腹痛和食欲增強。多在服用去鐵酮治療的早期出現，且大多數患者在繼續治療數日或數周后緩解。對一些患者，可先降低去鐵酮服用劑量然后再升高至75mg/kg/天是有益的。有服用去鐵酮的患者出現關節癥狀的報告。關節癥狀從一個到多個關節的輕度疼痛直至嚴重的關節炎。多數患者在繼續治療后上述癥狀自行緩解。有服用去鐵酮的患者出現谷丙轉氨酶（ALT）增高的情況。絕大多數患者的ALT增高是無癥狀的和一過性的，在未停藥也未降低去鐵酮的劑量的情況下，其ALT可恢復正常。一些患者隨著本身鐵負荷的增高或丙肝的感染而出現肝纖維化的進展。少數患者出現與去鐵酮相關的血漿鋅水平降低，可口服補鋅保持正常水平。 在臨床試驗中報告的最嚴重的不良反應是粒細胞缺乏癥（嗜中性粒細胞<0.5×109/l），出現的患者為1.2％（0.6例/100患者/年）；其次為嗜中性白細胞減少癥（嗜中性粒細胞<1.5×109/l），出現的患者為6.5％（3.5例/100患者/年）。這樣的發生率，應考慮地中海貧血患者本身具有的能夠促使嗜中性白細胞減少的原有病變基礎，特別是那些伴發脾功能亢進的患者。
奧貝安可藥物相互作用：尚無去鐵酮和其他藥物相互作用的報告。但是由于該化合物與金屬陽離子結合，所以去鐵酮與含三價陽離子的藥物，例如含鋁離子的抗酸劑，會存在潛在的藥物相互作用。尚無去鐵酮與維生素c同服的安全性的正式研究。基于同服去鐵酮和維生素c出現不良的相互作用的報告，當同服這兩種藥物時應慎重。
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