使用本品最常見的不良反應為頭痛(＞10％患者)但隨著時間的推移和持續應用會逐漸減退。
在首次用藥或增加劑量時，常可見直立位低血壓和/或輕度頭痛。這些癥狀可能與頭昏、嗜睡、反射性心動過速和乏力有關。
罕見(＜1％患者)惡心、嘔吐、潮紅和皮膚過敏反應(如紅斑)，有時可能很嚴重。個別病例出現剝脫性皮炎。
有使用有機硝酸鹽出現嚴重低血壓的報道，包括惡心、嘔吐、坐立不安、蒼白、多汗。罕見虛脫現象(常伴有心動過緩和暈厥)。罕見嚴重低血壓導致心絞痛癥狀加重現象。
有幾例硝酸鹽誘導的括約肌松弛引起的心口灼熱的報道。
使用本品治療期間因可使換氣不良肺泡的血供增加(形成肺“旁路”)而導致一過性低氧血癥。特別是在冠心病患者可導致心肌缺氧。

對本品中任一成份過敏者
急性循環衰竭(休克，血管性虛脫)
心源性休克(除采用適當措施保證舒張末期壓足夠高外)
嚴重低血壓(收縮壓低于90mmHg)
顱內壓增高者
嚴重貧血患者
青光眼患者
硝酸鹽治療期間，不能使用西地那非
急性心肌梗塞伴低充盈壓(除非在有持續血液動力學監護條件下的監護病室使用)

1．下列患者的用藥需醫生特別監護：
肥厚性阻塞性心肌病
縮窄性心包炎
急性心包填塞
低充盈壓，如急性心肌梗塞，左室功能損傷(左室衰竭)
主動脈和/或二尖瓣狹窄
伴有顱內壓升高的疾病
體位性循環調節障礙
2．本品不適用于急性心絞痛發作。
3．本品有耐藥性，且與其他硝基化合物有交叉耐藥現象。
4．患有嚴重的大腦多發性硬化癥者，使用本品應極度謹慎。
5．持續使用本品的患者應被告知不能使用含西地那非的產品。使用本品進行治療不應因使用含西地那非的產品中斷，因為那樣容易增加心絞痛發作的危險。
6．本品可在一定程度上影響人的反應速度，例如駕駛及操作機械的能力受到影響，若同時飲用酒精，這種情況會更顯著。

藥物過量可出現下列征兆：血壓降低(≤90mmHg)；蒼白；出汗；脈搏微弱；心動過速；站立時頭暈；頭痛；乏力；惡心；嘔吐；腹瀉。
接受其他有機硝酸酯類治療的患者有發生高鐵血紅蛋白血癥的報道，單硝酸異山梨酯在體內轉化并釋放出亞硝酸根離子，將導致高鐵血紅蛋白血癥和紫紺，并繼發呼吸急促、焦慮、意識喪失和心臟停搏。不能排除過量服用單硝酸異山梨酯可導致此不良反應。很高劑量時顱內壓會增高，導致腦部癥狀。
治療措施：
1．停用藥物
2．硝酸酯類所致低血壓的處理措施
—病人平臥，降低頭部，抬高腿部。
—供氧
—增加血容量
—針對休克的專門治療(將病人收入監護病房)
3．如果血壓過低，應用擬交感神經類藥物，如鹽酸腎上腺素或鹽酸去甲腎上腺素升高血壓。
4．高鐵血紅蛋白血癥的治療
—用維生素C，亞甲藍，甲苯胺藍治療
—吸氧(如有必要)
—啟動人工通氣
—血液透析(如有必要)
5．復蘇治療
如有呼吸和循環停止的征兆，應立刻采取復蘇治療。

本品為硝酸異山梨酯的主要活性代謝產物。像其他有機硝酸酯一樣，單硝酸異山梨酯釋放出一氧化氮，一氧化氮通過激活鳥苷酸環化酶，使cGMP增多，激活cGMP依賴性蛋白激酶，改變平滑肌細胞中各種蛋白的環磷化作用，從而松弛血管平滑肌。
單硝酸異山梨酯通過松弛血管平滑肌使血管擴張，可擴張外周動脈和靜脈。通過擴張靜脈使靜脈容量增加，減少回心血量，從而降低心室舒張末壓力和體積(前負荷)；通過擴張動脈和小動脈降低系統血管阻力(后負荷)，心肌作功減少；心臟前后負荷的降低，從而減少心肌耗氧量。而且，當因動脈硬化部分阻塞冠狀動脈時，單硝酸異山梨酯可選擇性擴張大冠狀動脈，能促進心肌血流的重新分布，使冠脈灌注量增加，硝酸酯類還能擴張冠脈狹窄部位，以及緩解冠脈痙攣。單硝酸異山梨酯通過上述作用抗心肌缺血作用。
對大鼠和小鼠的急性毒性研究表明，口服LD50約為2000-2500mg/kg。對鼠和狗分別進行了78周和52周的長期毒性研究，首次毒性反應分別發生在劑量405mg/kg和90mg/kg。對兩代小鼠進行了生殖力研究，對小鼠和兔進行了致畸性研究，在母體致毒劑量下，未發現單硝酸異山梨酯有致畸作用。對單硝酸異山梨酯的體外、體內的誘變性研究表明，所有誘變性實驗均為陰性。不管是小鼠和兔的長期毒性實驗，還是對小鼠125周(雄性)，和138周(雌性)的致癌性研究均未發現致癌作用，表明單硝酸異山梨酯對人類的致癌力很低。